À luz da Constituição Federal, a OMB orienta sua atuação pelos princípios da liberdade de associação, da autonomia privada e do pluralismo institucional, sempre em estrita observância ao ordenamento jurídico brasileiro.

A instituição defende que iniciativas associativas no campo científico e técnico devem ser exercidas dentro dos limites legais aplicáveis às entidades civis, respeitando-se as competências regulatórias atribuídas aos órgãos públicos.

O Processo Seletivo de Habilitação e Exame Nacional de Associação, promovido pelas Sociedades Médicas Associadas, possui natureza exclusivamente associativa e privada, não se confundindo com programas de residência médica, nem com os regimes jurídicos previstos na Lei nº 6.932/1981 ou no Decreto nº 8.516/2015.

Eventuais controvérsias interpretativas sobre o ambiente institucional da medicina brasileira são tratadas pelos meios jurídicos adequados, com serenidade, responsabilidade e absoluto respeito ao Estado Democrático de Direito.